Die Höhlen wurden 1959 von 5 Kindern aus dem Dorf Maro entdeckt. Mit 500.000 Besuchern pro Jahr liegen die Höhlen von Nerja auf Platz 3 der meistbesuchten Sehenswürdigkeiten von Spanien. Nur der Prado in Madrid und die Alhambra in Granada liegen vor ihnen.

Die Höhlen wurden in der Zeit von 30.000 bis 1.800 v.Chr. als Kult-, Grab- und Wohnstätte benutzt. Aus dieser Zeit wurden Schmuck, Gefäße und Werkzeuge gefunden. Auch Felsmalereien, die verschiedene Land- und Meerestiere zeigen, stammen aus dieser Zeit. Allerdings befinden sich die meisten Malereien in dem Bereich der Höhle, der nicht frei zugänglich ist.

Die Höhlen bestehen aus den drei Galerien untere Galerie (Galerías turísticas), hohe Galerie(Galerías altas) und neue Galerie ( Galerías nuevas). Nur die erste ist für den Publikumsverkehr zugänglich. In diesem Bereich finden wir die 30 Meter hohe Halle Sala del Cataclismo, deren zentrale Säule mit 49 Meter Höhe und 18 Meter Durchmesser als größter Tropfstein der Welt gilt (Guinessbuch).
Weitere Hallen in der Galerías turísticas: Sala de los fantasmas, Sala del Belén, Sala de las cascadas, Sala de la Torca.

Diese Galerie umfasst etwa ein Drittel der insgesamt 4,8km langen Höhle. Die anderen beiden Galerien sind nur für Archäologen und Höhlenforscher zugänglich. Alljährliche finden wegen der hervorragenden Akustik in den Höhlen mehrere Veranstaltungen statt.
Auch wenn man schon andere Tropfsteinhöhlen besichtigt hat, die Einzigartigkeit der Größe, Farbe und des Aufbaus dieser Höhle wird jeden faszinieren.